`--clear` オプションでクリア

venv には、作成した仮想環境を初期状態にクリアする--clearオプションがあります。

python -m venv --help によるヘルプ表示抜粋

  --clear               Delete the contents of the environment directory if it
                        already exists, before environment creation.

activate している状態であれば、いったん deactivate したうえで、以下のように実行します。

python -m venv --clear 対象の仮想環境ディレクトリ

python は python3 など、各環境に読み替えてください。

お試し

新しく仮想環境を作成し、パッケージをインストールし、クリアしたらそのパッケージがないことを確認します。 Python 3.7.1 で試しています。

$ python3 -m venv testenv             # 仮想環境 testenv の作成
$ source testenv/bin/activate         # 仮想環境 testenv の有効化
(testenv) $ pip install netmiko       # パッケージ（ここでは netmiko）のインストール
Collecting netmiko
  Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/83/a7/2d77f332ecf44909e70002cb20dbabfe8bd7bb1c552b67a2a75349fe1598/netmiko-2.3.0.tar.gz
(...略...)
(testenv) $ pip list | grep netmiko   # あることを確認
netmiko      2.3.0                    # ある
(...略...)
(testenv) $ deactivate                # いったん仮想環境を抜ける
$ python3 -m venv --clear testenv     # --clear で初期状態にクリア
$ source testenv/bin/activate         # 再度、仮想環境 testenv の有効化
(testenv) $ pip list | grep netmiko   # ないことを確認
(testenv) $                           # ない